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期刊論文：
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Huh, C. A., Chen, W., Su, C. C., Hsu, F. H., Chiu, J. K., Lin, S. and Liu, C. S. (2011)Modern (<100 years) sedimentation in the Taiwan Strait: rates and source-to-sink pathways elucidated from radionuclides and particle size distribution. Continental Shelf Research, Vol. 31, P. 47-63. doi: 10.1016/j.csr.2010.11.002 (SCI)
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Liu, J. P., Liu, C. S., Xu, K. H., Milliman, J. D., Chiu, J. K., Kao, S. J., Lin, S. W.(2008) Flux and Fate of Small Mountainous Rivers Derived Sediments into the Taiwan Strait. Marine Geology, Vol. 256, no. 1-4, P. 65-76. doi: 10.1016/j.margeo.2008.09.007.(SCI)
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Chiu, Jui-kun, Liu, Char-Shine. (2008)Comparison of sedimentary processes on adjacent passive and active continental margins offshore of southwest Taiwan based on echo character studies. Basin Research, vol. 20, p.503-518. doi: 10.1111/j.1365-2117.2008.00388.x (SCI)
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Milliman,J.D., Lin,S.W., Kao, S. J., Liu, J. P., Liu, C.S., Chiu, J. K. and Lim, Y.C. (2007) Short-term Changes in Seafloor Character due to Flood-Derived Hyperpycnal Discharge: Typhoon Mindulle, Taiwan, July 2004, Geology, vol. 35, no.9, p.779-782. doi: 10.1130/G23760A.1. (SCI)
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Chiu, Jui-kun, Tseng, Wei-Hao., Liu, Char-Shine. (2006) Distribution of gassy sediments and mud volcanoes offshore southwestern Taiwan. Terrestrial, Atmospheric and Oceanic Sciences (TAO), Vol. 17, P. 703-722. (SCI)
博士論文：
以海床迴聲特徵探討台灣海峽及台灣西南海域之淺層沉積作用，國立台灣大學海洋研究所博士論文。
碩士論文：
烏坵嶼附近海域的3.5千赫回聲型態與沈積作用，國立台灣大學海洋研究所碩士論文。
專刊及其他著作：
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邱瑞焜(2002)亞太經濟合作(APEC)能源工作組十年回顧，能源報導，六月號，P.36-37。
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邱瑞焜(2002)從長江三峽大壩展望大陸的水力發電情況，能源報導，十一月號，P.21-23。
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邱瑞焜(2002)法國能源情勢與發展，能源季刊，第三十二卷第四期，P.2-12。
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邱瑞焜(2002)紐西蘭天然氣添加嗅劑的法規瓦斯季刊，第60期，P.39-47。
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邱瑞焜(2002)天然氣營運技術的新發展方向，瓦斯季刊，第61期，P.37-43。
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邱瑞焜(2002)從碳排放權的商機，談未來林業的經營管理，台灣林業，第28卷第6期，P.23-26。
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邱瑞焜(2003)『利』人不『損』己─再生能源界的非營利組織（NPO），能源報導，一月號，P.14-16。
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邱瑞焜(2003)『星』星相印─美國天然氣界的溫室氣體減量成果，能源報導，二月號，P.27-30。
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邱瑞焜(2003)『合』氣生財─天然氣水合物的無限潛能，能源報導，五月號，P.23-25。
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邱瑞焜(2003)能源與海-國內海洋能源研究機構簡介，能源報導，七月號，P.27-29。
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邱瑞焜(2003)後起之『嗅』-天然氣添加附嗅劑之現況，能源報導，十月號，P.34-36。
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邱瑞焜(2003)無所不『能』-台灣所面對的國際能源事務，能源報導，十二月號，P.23-25。
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邱瑞焜(2003)天然氣儲存的全方位思考，瓦斯季刊，第63期，P.3-11。
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邱瑞焜(2003)如何在操作上減少天然氣洩漏～談美國天然氣業的溫室氣體減量工作，瓦斯季刊，第63期，P.21-27。
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邱瑞焜(2003)天然氣專業人才的養成，瓦斯季刊，第64期，P.2-9。
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邱瑞焜(2003)第22屆國際瓦斯會議紀實，瓦斯季刊，第65期，P.2-13。
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邱瑞焜(2004)節能『泰』重要-泰國在節約能源的發展歷程，能源報導，二月號，P.5-7。
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邱瑞焜(2004)全球佈局、步步為營-淺談能源領域的專利，能源報導，五月號，P.25-27。
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邱瑞焜(2004)托斯卡尼『熱』情『風』采-義大利再生能源簡介，能源報導，十一月號，P.25-28。
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邱瑞焜(2004)選賢與『能』-談美國總統大選中之能源議題，能源報導，十二月號，P.14-16。
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邱瑞焜(2004)正視兩岸天然氣界的交流，瓦斯季刊，第66期，P.55-64。
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邱瑞焜(2004)美國面臨的冬季天然氣短缺問題，瓦斯季刊，第67期，P.21-30。
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邱瑞焜(2004)離岸輸氣管線可能的解決方法，瓦斯季刊，第68期，P.67-73。
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邱瑞焜、劉家瑄(2004)開啟沈積學的整合時代～簡介美國二十一世紀進行的Source to Sink計畫，地質，第22卷第2期，P. 23-33。
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邱瑞焜(2004)第五屆國際亞洲海洋地質會議記實，地質，第23卷第1期，P.23-32。
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邱瑞焜(2005)德國能源重鎮巡禮-簡介尤利希及基爾之關鍵研究，能源報導，九月號，P.14-16。
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邱瑞焜(2005)各國天然氣水合物的研發概況，瓦斯季刊，第70期，P.67-76。
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邱瑞焜(2005)挪威 Orman Lange 深海天然氣田的探勘計畫，瓦斯季刊，第71期，P.64-70。
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邱瑞焜(2005)天然氣及石油等能源探勘的競爭與合作，瓦斯季刊，第72期，P.2-7。
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邱瑞焜(2005)第廿八屆國際能源經濟學會台北分會報導，瓦斯季刊，第73期，P.72-80。
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邱瑞焜及劉家瑄(2005)連續變頻聲納在海洋環境調查上之應用，海洋及水下科技季刊，第十五卷第二期P. 46-50。
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邱瑞焜(2005)我國離岸式風力發電廠發展在地質上之探討，太陽能及新能源學刊，第10卷第1期，P.23-25。
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邱瑞焜(2005)2005年歐洲水中科技國際研討會實錄，太陽能及新能源學刊，第10卷第2期，P.28-29。
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邱瑞焜(2006)西風東漸-歐洲離岸風能總體檢，能源報導，二月號，P.34-36。
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邱瑞焜(2006)丹麥的省能賺錢之道，能源報導，八月號，P.21-23。
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邱瑞焜(2006)回顧近年天然氣相關的政府研究計畫，瓦斯季刊，第74期，P.71-80。
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邱瑞焜(2006)天然氣界的資訊寶庫～美國瓦斯技術研究所實至名歸，瓦斯季刊，第75期，P.71-80。
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邱瑞焜(2006)女人當家～國外天然氣界中的成功女性，瓦斯季刊，第77期，P.71-80。
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邱瑞焜、劉家瑄、林曉武、王詠絢(2006)拖曳式深海數位照相系統使用記實，海洋及水下科技季刊，第十六卷第一期，P.11 -15。
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邱瑞焜(2007)高山上的用能哲學，能源報導，二月號，P.20-22。
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邱瑞焜(2007)淺談二氧化碳海洋隔離法，能源報導，四月號，P.24-26。
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邱瑞焜(2007)真善美的能源世界～細說奧地利，能源報導，七月號，P.20-22。
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邱瑞焜(2007)日本天然氣水合物研究機構巡禮，能源報導，十一月號，P.14-16。
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邱瑞焜(2007)液化天然氣發展所面臨的挑戰～2006年國際海洋和極地工程會議相關報導，瓦斯季刊，第78期，P.64-73。
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邱瑞焜、劉家瑄(2007)利用連續變頻聲納資料探討臺灣海峽沉積物的分布，地質，第26卷第1期，P.76-83。
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邱瑞焜(2008)遊東京必訪的能源展示館～澀谷電力館，能源報導，十月號，P.20-22。
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邱瑞焜(2008)日本JOGMEC在「天然氣水合物」領域的研究現況，瓦斯季刊，第85期，P.16-24。
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邱瑞焜(2008)淺談地層剖面儀在水下考古的應用，海洋及水下科技季刊，第十八卷第一期，P.7-12。
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邱瑞焜(2009)簡介日本重要的天然氣資源調查機構～日本地質調查綜合中心及其展示館，瓦斯季刊，第86期，P.66-73。
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許鶴瀚、邱瑞焜、劉家瑄(2009)天然氣水合物現地監測技術的發展現況，海洋及水下科技季刊，第十八卷第四期，P.3-6。
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邱瑞焜(2009)峇里島能源服務公司介紹，能源報導，一月號，P.17-19。
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邱瑞焜(2009)「郵」小看大～各國能源郵票小故事，能源報導，二月號，P.21-23。
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邱瑞焜(2009)日本獨立行政法人「海洋研究開發機構」簡介，海洋及水下科技季刊，第十九卷第一期，P.81-83。
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邱瑞焜(2009)開發天然氣水合物資源之潛力與挑戰，能源報導，六月號，P.14-16。
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邱瑞焜(2009)德國海洋資源研究～天然氣水合物調查之SUGAR計畫，瓦斯季刊，第88期，P.56-62。
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邱瑞焜、黃少薇、吳書恆(2009)海底應答器佈放位置之探討，海洋及水下科技季刊，第十九卷第二期，P.47-52。
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邱瑞焜(2009)水下考古科學儀器調查及分析人才培訓課程紀實，海洋及水下科技季刊，第十九卷第三期，P.41-44。
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邱瑞焜(2009)向新領域邁進--「台德海域天然氣水合物調查及二氧化碳封存」研討會報導，能源報導，十二月號，P.11-13。
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邱瑞焜、賴國榮、劉家瑄(2010)海洋地質資料庫，地質，第29卷第1期，P.51-54。
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邱瑞焜(2010)日本研究船地球號的海洋鑽探技術，海洋及水下科技季刊，第十九卷第四期，P.31-33。
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邱瑞焜(2010)簡介與天然氣有關的國外刊物，瓦斯季刊，第90期，P.41-47。
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邱瑞焜、郭芳旭、黃俊傑、劉祖乾(2010)海底土石流對海底管線所產生危害之回顧，海洋及水下科技季刊，第十九卷第四期，P.27-30。
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邱瑞焜、賴國榮、詹智丞(2010)水下科技在英國石油深水地平線漏油事件所扮演的角色，海洋及水下科技季刊，第二十卷第三期，P.9-12。
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邱瑞焜、許鶴瀚、邱協棟、劉家瑄(2010)地層剖面資料在海洋環境研究上的演進，海洋及水下科技季刊，第二十卷第四期，P.40-46。
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邱瑞焜、劉紹勇、高家俊、劉家瑄、楊燦堯(2012)簡介水下鑽探設備(MeBo)在海洋科學上的應用，海洋及水下科技季刊，第二十一卷第四期，P.32-36。
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邱瑞焜、劉紹勇(2012)日本311大地震後之快速深鑽計畫，海洋及水下科技季刊，第二十二卷第二期，P.47-50。
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邱瑞焜、黃漢勇(2014)2014年水下文化資產保存研習課程紀實，海洋及水下科技季刊，第二十四卷第二期，P.43-46。
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邱瑞焜(2015)淺談法國推動水下文化資產之趨勢，海洋及水下科技季刊，第二十五卷第四期，P.24-28。
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邱瑞焜(2016)教師好幫手~博物館科學學習中心，師友月刊，第588卷，P.25-27。
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陳俐陵、邱瑞焜、張正杰(2016)海洋防災教育成果—以海科館海洋防災科技與減災教育推廣計畫為例，科學教育月刊，第393期，P.51-54。
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邱瑞焜(2017)推動博物館教育人員臨床視導制度，師友月刊，第597卷，P.55-59。
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邱瑞焜(2017)參觀日本海嘯防災教育中心紀實，消防月刊，2017年3月號，P.79-82。
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邱瑞焜(2017) 淺談機器人在水下考古之應用，海洋及水下科技季刊，第二十七卷第一期，P.66-69。
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邱瑞焜(2017)新時代的能源教育，師友月刊，第602卷，P.91-96。
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劉金源、田文敏、薛憲文、邱瑞焜(2018)水下文化資產保護與監測之研究：以「將軍一號」及「廣丙艦」為例，海洋及水下科技季刊，第二十八卷第二期，P.87-104。
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蔡政良、王國裕、黃千芬、邱瑞焜、黃漢勇、溫卓謀、劉金源(2018)臺灣發展水下博物館之初探，海洋及水下科技季刊，第二十八卷第二期，P.121-142。
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邱瑞焜(2018)從海科館談國內水下博物館之未來發展，博物館研究季刊，第37卷第2期，P.68-75。
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邱瑞焜、張正杰(2018) 打破禁忌的海洋防災教育，師友雙月刊，第611卷，P.86-91(9月號)。
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邱瑞焜(2019)望海巷海灣水下文化資產訓練場之規劃，海洋及水下科技季刊，第二十九卷第二期，P.29-34。（108年6月）
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邱瑞焜(2021)澳洲水下文化資產之監測管理，海洋及水下科技季刊，第三十一卷第三期，P.67-73。(110年9月)
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邱瑞焜(2022)到海底參觀博物館？有如到內太空的奇妙體驗--水下博物館，臺灣海洋教育中心「高中海洋教育新知電子報」，第三期，P.1-3。(111年1月)
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邱瑞焜(2022)走出教室-以保育區為主體的教學與實作，海洋漫波季刊，第11期，P.14-17。(111年3月)
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邱瑞焜、劉金源(2022)水下文化資產的公共化，『將軍一號:遺物研究與發展』（111年4月）ISBN：9789865325787。
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邱瑞焜、張正杰(2022)水下文化資產推廣教育回顧與展望，海洋及水下科技季刊，第三十二卷第二期，P.58-62。（111年8月）
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邱瑞焜、吳翎禎(2023)提升學生水下文化資產素養：以海科館「水下古時光校園巡迴微型展」為例，2023全國科普論壇論文彙編（ISBN 978-626-35-367-8），P.98-102。(112年11月)
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邱瑞焜(2023)博物館：推動戶外與海洋教育的好幫手，戶外教育與海洋教育通訊，第10期，P.6-9。（112年11月）
國外研討會論文：
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Liu, C.S., Schnurle, P., Chiu, J.K., Tseng, W.H., Wang, Y.(2006) Recent progresses on seismic investigations of gas hydrate offshore southwestern Taiwan. 2006 International Sedimentological Congress, Fukuoka, Japan.
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Chiu, J.K., Tseng, W.H., Liu, C.S.(2006) Distribution of gassy sediments and mud volcanoes offshore southwestern Taiwan. 2006 AGU Fall Meeting, San Francisco, CA, USA.
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Chiu, J.K., and Liu, C.S.(2007) Chirp echo characters and Late Quaternary sedimentation offshore Southwestern Taiwan: the comparison of sedimentary process in the passive and active continental margin. 2007 EGU General Assembly, Vienna, Austria.
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Chiu, J.K., and Liu, C.S.(2008) Chirp Echo Characters and Late Quaternary Sedimentation Offshore Southwestern Taiwan: a Comparison of Sedimentary Processes in the Passive and Active Continental Margins. ICAMG6, Kochi, Japan.
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Liu, C.S. and Chiu, J.K.(2008) Comparison of sedimentary processes on adjacent passive and active continental margins offshore of southwest Taiwan based on echo character studies. 2008 AGU Fall Meeting, San Francisco, CA, USA. OS51A-1233.
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Chiu, J.K., Kuo, Francy and Huang Jeff (2010) Submarine landslide hazard evaluation offshore of southwestern Taiwan. 2010 Pacific Congress on Marine Science and Technology, Hilo, Hawaii, USA.
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Chiu, J.K.(2014)Action Research on Marine Disaster Reduction Education: A case study of the NMMST’s Program in Taiwan. Pacific congress on marine science & technology 24th international conference, Tokyo, Japan.
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Liu, J.Y., Shy, G.L., Chiu, J.K. and Hsin, C.T.(2016)The development of underwater cultural heritage studies in Taiwan: past, present and future plans. The Sixth International Congress on Underwater Archaeology, Fremantle, Australia.
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